O Ministério Público moveu uma ação contra Boulos em 2013 por dano qualificado ao patrimônio público, cuja pena máxima seria de três anos de detenção. Ao longo do processo, diversas tentativas de citação falharam, com oficiais de Justiça não conseguindo encontrá-lo em endereços fornecidos, incluindo um em Osasco e outro em Perdizes, além de tentativas na Faculdade de Mauá, onde Boulos afirmava trabalhar.
Em 2015, foi autorizada a citação por edital em veículos de imprensa. No entanto, o Tribunal de Justiça, ao revisar o caso, concluiu que nem todos os meios para localizá-lo foram esgotados. Em consequência, a citação por edital foi anulada e, com isso, o processo foi prescrito em junho de 2022, extinguindo a punibilidade de Boulos.
A assessoria de Boulos afirmou que ele nunca foi diretamente acusado de causar danos patrimoniais e que os atos atribuídos a ele nunca foram comprovados. Além disso, a defesa alegou que Boulos foi alvo de agressões durante o incidente, as quais nunca foram investigadas.